Jacques van Helden - curriculum vitae

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List of publications


Oral presentations at conferences

  1. 9/1996. Annual meeting of the Society for Mathematical Biology (Seattle - USA). Pattern formation and feedback loops. Oral presentation.
  2. 3/1998. International Workshop on the Linguistics of Biology and the Biology of Language (Cuernavaca - Mexico). Word frequency analysis, if appropriately calibrated, allows to extract regulatory sites from yeast upstream sequences. Oral presentation.
  3. 4/1998. EUROFAN (The Netherlands). A web site for the analysis of upstream regions from the yeast Saccharomyces cerevisiae. Oral presentation.
  4. 6/1998. Seminar on modelling and simulation of gene regulation and metabolic pathways (Daghstuhl - Germany). A web site for computational analysis of yeast regulatory sequences. Oral presentation.
  5. 5/1999. XIXth International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology. (Rimini - Italy). Computational Analysis of Yeast Regulatory Sequences. Oral presentation.
  6. 4/2000. Belgian Bioinformatics Conference (Bruxelles - Belgium). Graph-based tools for analysing biochemical pathways. Oral presentation.
  7. 5/2000. JOBIM - Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques (Montpellier - France). Application de l'analyse des mots et de l'analyse des graphes à l'interprétation des données d'expression génomique. Oral presentation.
  8. 6/2001. ISMB, Biopathway Consortium satellite meeting (Copenhagen - Denmark). Representing and analyzing biological function with aMAZE, a database of molecular interactions and processes. Invited speaker.
  9. 7/2001. HPNC conference, Universiteit van Amsterdam (Amsterdam - The Netherlands). Representing and analyzing biological function with aMAZE, a database of molecular interactions and processes. Invited speaker.
  10. 7/2001. Workshop on Bioinformatics and Genome Analysis, Ernst Schering Research Foundation (Berlin - Germany). Bioinformatics Approaches to Pathway Analysis. Invited speaker.
  11. 4/2002. EMBO conference - Prokaryotes in the Third Millenium, EMBL (Heidelberg - Germany). Analysing and predicting metabolic pathways on the basis of genomic and functional genomic data. Invited speaker.
  12. 6/2002. JOBIM - Satellite meeting on transcriptional regulation (Saint Malo - France). Gene classification on the basis of upstream motifs. Invited speaker (opening talk).
  13. 9/2002. Avances laboratoriales en Biologia molecular y Oncologia, Sociedad de Bioquimica Clinica (Cochabamba - Bolivia). Invited speaker.
  14. 1/2003. Conférence des directeurs d'unité INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Paris - France). Approches mathématiques et informatiques pour l'interprétation les données du transcriptome et du protéome. Invited speaker.
  15. 11/2003. Biotecnologia Habana 2003 (La Havana - Cuba). Statistical analysis of non-coding sequences. Invited speaker.
  16. 7/2004. Dagstuhl Seminars - Integrative Bioinformatics - Aspects of the Virtual Cell, Schloss Dagstuhl (Wadern - Germany). Predicting Gene Regulation by the Analysis of Non-Coding Sequences. Invited speaker.
  17. 4/2005. 2nd Barbados Workshop on Genomics and Gene Regulation (Barbados). Evaluation of pattern discovery results. Invited speaker.
  18. 5/2005. ESF Workshop on Transcription Networks: a global view (Madrid - Spain). Inferring meaningful pathways and functional distances in weighted metabolic networks. Invited speaker.
  19. 7/2005. JOBIM 2005 (Lyon - France). Prediction of regulatory elements in non-coding sequences : Evaluation of pattern discovery results in microbes and higher organisms. Invited speaker.
  20. 9/2005. Otto Warburg International Summer School and Workshop on Networks and Regulation, Zuse Institute Berlin (ZIB) (Berlin - Germany). Assessment of pattern detection approaches for the prediction of cis-regulatory elements. Invited speaker.
  21. 11/2005. Cis-regulation workshop, European Bioinformatics Institute (Hinxton - UK). Evaluating predictions of cis-regulatory elements. Invited speaker.
  22. 12/2005. Colloque LIX polytechnique, Ecole polytechnique (Paris - France). Inferring meaningful pathways in weighted metabolic networks. Invited speaker.
  23. 1/2006. Conférence PRO-A (Programme National sur les Maladies des OS et des Articulations), INSERM (Paris - France). Apport des nouvelles approches bio-informatiques et biostatistiques dans la recherche clinique - vers de possibles applications aux pathologies articulaires. Invited speaker.
  24. 4/2006. INSERM Workshop - Identification of non-coding functional regions in genomes, INSERM (La Londe les Maure - France). Pattern discovery in genomic sequences. Invited speaker.
  25. 9/2007. XIVe Rencontre de la Société francophone de classification, Ecole nationale supérieure des télécommunications (Paris - France). Classification de séquences génomiques sur base d'occurrences de motifs de régulation. Invited speaker.
  26. 9/2008. New ideas for an old family: Heat Shock Factors at crossroads between stress, epigenetics and development, Conférence Jacques Monod: (Roscoff - France). Bioinformatics approaches for the detection of HSF binding sites in genomic sequences.. Invited speaker.
  27. 1/2009. Bioinformatique de Plasmodium falciparum, Museum d'Histoire Naturelle (Paris - France). Découverte de signaux cis-régulateurs dans les séquences génomiques de Plasmodium. Invited speaker.
  28. 5/2009. Journées de Biologie, Université de Boumerdes (Boumerdes - Algérie). Ce que nous enseigne l'analyse des génomes au sujet de l'évolution. Keynote speaker.
  29. 6/2009. Colloque "Cent cinquante ans après l'Origine des espèces : du darwinisme de Darwin à l'évolutionnisme contemporain", Collège de France (Paris - France). Évolution de la régulation génomique: hiérarchies, rétroaction, modules et réseaux. Invited speaker. [Video]
  30. 10/2009. 9ème journée thématique du Théâtre des Doms: "Darwin et la question des origines: un défi pour la pensée", Théâtre des Doms (Avignon - France). Enjeux épistémologiques et sociétaux du débat évolution-créationnisme. Invited speaker.
  31. 10/2009. BioMagnet annual meeting, Universiteit Gent (Gent - Belgium). The powerful law of the power law and other myths in network biology. Invited speaker.
  32. 3/2010. Atelier INSERM: "Biological networks: from molecular biology to bioinformatics" (Saint Raphaël - France). Neetwork Analysis Tools. Invited speaker.

Invited seminars

  1. 3/2000. Séminaire Algorithmique et Biologie, Institut Pasteur (Paris - France). String-based approaches to pattern discovery in non-coding DNA sequences.
  2. 3/2001. Réunion IMPG, ESIL Marseille Luminy (Marseille - France). Représentation et analyse de la fonction biologique au moyen d'une base de données d'interactions et de processus moléculaires.
  3. 6/2001. Séminaire génopole, Génopole (Evry - France). Détection d'éléments de régulation dans les séquences non-codantes.
  4. 6/2001. Séminaire génopole, Génopole (Evry - France). Représentation et analyse des fonctions biologiques au moyen d'aMAZE, une base de données d'interactions et de processus moléculaires.
  5. 9/2001. Séminaire Algorithmique et Biologie (Lyon - France). Prediction of transcriptional regulation by the analysis of non-coding sequences.
  6. 9/2001. Séminaire génopole, ESIL Marseille Luminy (Marseille - France). Détection d'éléments de régulation par analyse des séquences non-codantes.
  7. 1/2002. Génopole (Lille - France). Analyse des séquences régulatrices et des données d'expression.
  8. 5/2002. Institut Pasteur (Paris - France). Prédiction des éléments cis-régulateurs de levure par analyse des séquences non-codantes.
  9. 10/2002. Institut de Recherche Interdisciplinaire en Biologie humaine et moléculaire (Bruxelles - Belgique). Inferring metabolic pathways from microarray data.
  10. 11/2002. Séminaire "Langage du Génome", IGM Orsay (Orsay - France). Analyse de séquences régulatrices - Détection de motifs et classification de gènes sur base de comptages de mots..
  11. 5/2003. Institut Henri Poincaré (Paris - France). Classifying genes on the basis of cis-acting regulatory elements.
  12. 1/2004. University of Gottingen (Gottingen - Germany). Classifying regulatory sequences on the basis of predicted signals.
  13. 3/2004. Workshop on Regulatory Sequence Motif Discovery, MCB (Uppsala - Sweden). Random models for pattern discovery.
  14. 3/2004. Universitat de Valencia (Valencia - Spain). Prediction of regulatory elements by the analysis of non-coding sequences.
  15. 3/2006. Colloquium MAPA, Université Catholique de Louvain (Louvain-La-Neuve - Belgium). Applications de la théorie des graphes pour l'analyse des réseaux métaboliques. Invited speaker.
  16. 2/2007. BioMagnet Kick-off meeting, Université de Liège (Liège - Belgique). Research activites of the Service des Conformation des Macromolécules Biologiques et de Bioinformatique. Invited speaker.
  17. 3/2007. Séminaire GIGA, Université de Liège (Liège - Belgique). Inferring co-regulation networks from microbial genomes. Invited speaker.
  18. 7/2007. Technische Universitat Dresden (Dresden - Germany). Inferring co-regulation networks from microbial genomes. Invited speaker.

Other scientific meetings


Referring activities

Scientific journals

Grant submissions

Scientific committees of conferences


Teaching

Courses currently taught

  1. Statistiques appliquées à la bioinformatique (STAT-F-419 (ex-STAT-F-506))
    Statistics applied to bioinformatics
    2ECTS cours + 1 ECTS travaux pratiques
  2. Analyse des réseaux d'interactions moléculaires (BMOL-F-501)
    Analysis of molecular interaction networks
    1ECTS cours + 1ECTS travaux personnels
  3. Génomique, protéomique et évolution (BIOL-F-449)
    Genomics, proteomics and evolution
    Bruno André, Jacques van Helden & Patrick Mardulyn
    Je donne 2ECTS de cours
  4. Biologie et société (BIOL-F-105)
    Biology and Society
    2ECTS cours

  5. Enjeux sociaux et écologiques de la biologie (BIOL-D-101)
    Social and ecological issues of biology
    2ECTS cours + 1ECTS travaux personnels

  6. Bioinformatique appliquée au secteur agro-alimentaire (BING-F-527)
    Bioinformatics applied to the agri-food domain.
    Dimitri Gillis & Jacques van Helden
    Je donne 1ECTS de cours

Courses taught in the past

Occasional courses as invited teacher


Programming


Software development


Extra-academic activities